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ImageJ es un programa de procesamiento de imágenes de dominio público basado en Java desarrollado por los National Institutes of Health. ImageJ se diseñó con una arquitectura abierta que proporciona extensibilidad mediante plugins de Java y macros grabables. Los plugins personalizados de adquisición, análisis y procesamiento pueden desarrollarse utilizando el editor incorporado de ImageJ y un compilador de Java. Los plugins escritos por usuarios permiten resolver numerosos problemas de procesamiento y análisis de imágenes.